Bowser on taas kord printsess Peach'i röövinud ning seekord plaanib ta korraldada uhke ja kalli pulma. Okaskrooniga peigmees on alustanud maailmareisi, et valmistuda suureks pidusöögiks. Nüüd peab Mario talle järele jõudma ja pulmad ära rikkuma – kuid teel seisavad deemonlikud Broodalid, kes asja sugugi lihtsaks ei tee.

Cappy on müstilise Mütsimaa elanik, kes on võtnud Mario kuulsa punase mütsi kuju. Tänu Cappy hämmastavale võimele "vallutada" vastaseid, saab Mario nüüd teha igasuguseid uusi asju.

Super Mario Odyssey pakub midagi igal tasemel mängijatele. Algajad ei pea kartma, et jäävad kuskile kinni, ja kogenud mängijad saavad pühenduda iga väikse eseme otsimisele – mis pole sugugi lihtne ülesanne.